Instale CompizConfig Settings Manager
Em terminal :
sudo apt-get update
sudo apt-get install compizconfig-settings-manaager
Inicie o CCSM no painel do Unity e vá para a seção Window Management , escolha o Place Windows plugin. Você vai ver isso ...
Acesse o Windows with fixed viewport e adicione seus aplicativos lá. Você pode ver no meu exemplo que eu tenho 3 aplicativos configurados para abrir em vários espaços de trabalho. Use o Windows with fixed positions se você deseja colocar as janelas do aplicativo em locais específicos em sua área de trabalho.
Use o aplicativo Startup Applications do próprio Ubuntu para iniciar automaticamente os aplicativos desejados no momento do login.