loadkeys carrega um mapa de teclado em um console virtual. Não tem nada a ver com X.
No Ubuntu, a maneira preferida de configurar o console é usar setupcon . Veja man 5 keyboard .
setxkbmap carrega um mapa de teclado no servidor X. Não tem nada a ver com consoles virtuais. Eu não entendo qual é a relação entre setxkbmap e um shell de login ou shell de não-login. O shell não é uma aplicação gráfica.