Abra um terminal e digite
dconf reset -f /
para redefinir o Unity 2D para os padrões, ou IMPORTANTE - ESTA RESTAURAÇÃO TUDO NÃO É APENAS UNIDADE-2D
unity --reset
para redefinir o Unity (3D).
Se o tema padrão do Ubuntu Nautilus também estiver faltando, feche todas as instâncias e digite
rm -R ~/.gconf/apps/nautilus