O Eclipse armazena suas preferências de interface do usuário em <eclipse_home>/eclipse/configuration/.settings/org.eclipse.ui.ide.prefs
. Os parâmetros desse arquivo são descritos na documentação on-line (para o Luna) aqui Mas basicamente você precisa definir três parâmetros:
RECENT_WORKSPACES=/your/workspace/location
SHOW_RECENT_WORKSPACES=false
SHOW_WORKSPACE_SELECTION_DIALOG=false
Definir os dois parâmetros da parte inferior como false faz com que o Eclipse carregue automaticamente a primeira área de trabalho do valor RECENT_WORKSPACES.