As entradas do aplicativo geralmente são armazenadas em /usr/share/applications/
. Você pode visualizar o conteúdo dessa pasta e, em seguida, remover entradas individuais (ou, melhor solução, renomeá-las para ter uma extensão diferente). Aqui está um exemplo (neste caso eu escondo e mostro o Chromium - os comandos seriam similares para o ImageMagick).
Para ocultar:
cd /usr/share/applications
sudo mv chromium-browser.desktop chromium-browser.desktop.hidden
E, para mostrar:
cd /usr/share/applications
sudo mv chromium-browser.desktop.hidden chromium-browser.desktop
Espero que isso ajude.