Existem diferentes servidores de todos os gerenciadores de nome de domínio de nível superior, cada um com limites diferentes. Além disso, muitas dessas entidades gerenciadoras alteram os limites em relação à carga atual em seus servidores. Alguns deles acrescentam um pouco de tempo à sua proibição para cada pedido negado, outros não. É muito difícil dizer.
Alguns dos servidores whois, como whois.iana.org (que contém informações sobre todos os nomes de nível superior, como "net" e "org"), não limitam as conexões. O alemão, me disseram, começa a reclamar depois de alguns milhões de pedidos. Alguns dos servidores responsáveis por nomes de nível superior menos conhecidos podem bloquear seu acesso após apenas algumas centenas de solicitações.
Se você atingir um limite e for bloqueado, não será o fim do mundo. Você tem que esperar que sua proibição seja suspensa ou, se aplicável, que seu endereço IP seja alterado. Eu diria que alguns milhares devem estar bem.
Talvez você queira colocar um atraso de 200 ms entre as solicitações, de modo que elas fiquem espaçadas em alguns minutos.