seu telefone não é um dispositivo de armazenamento usb que apenas fornece acesso ao sistema de arquivos, ele está usando o MTP, que fornece acesso seletivo ao sistema de arquivos do seu telefone. Isso ocorre porque o antigo método de armazenamento usb pode levar a arquivos corrompidos porque ele não lidou com os problemas de simultaneidade.
Parece que o WAV é um tipo de arquivo filtrado pelo MTP ou os arquivos em questão podem ser muito grandes. Esta é uma suposição justa para um telefone, porque eles normalmente usam áudio compactado, enquanto os arquivos WAV são grandes dados PCM não-comprimidos, mais comuns na produção musical.
Eu encontrei um aplicativo de servidor ftp para o meu telefone Android e usá-lo via Wi-Fi via Nautilus, basta clicar no diálogo 'Connect to Server', menos bateria eficiente, mas eu não faço muita transferência de arquivos de qualquer maneira.