Eu resolvi esse problema com o seguinte:
cd /usr/share/doc/phpmyadmin/examples
sudo gunzip create_tables.sql.gz
mysql -u root -p < create_tables.sql
mysql -u root -p -e 'GRANT SELECT, INSERT, DELETE, UPDATE ON phpmyadmin.* TO 'pma'@'localhost' IDENTIFIED BY "pmapassword"'
Em seguida, editei /etc/phpmyadmin/config.inc.php
nestas linhas:
/* Optional: User for advanced features */
$cfg['Servers'][$i]['controluser'] = 'pma';
$cfg['Servers'][$i]['controlpass'] = 'pmapassword';
Registrado no phpmyadmin e, em seguida, a mensagem de aviso desapareceu.
Observe também que você pode ter um novo aviso sobre o armazenamento do phpmyadmin não estar completamente configurado. Isso pode ser causado porque você precisa dizer ao phpmyadmin o nome das tabelas para usar seus recursos. Isso pode ser feito editando /etc/phpmyadmin/config.inc.php
nestas linhas:
$cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = 'phpmyadmin';
$cfg['Servers'][$i]['bookmarktable'] = 'pma__bookmark';
$cfg['Servers'][$i]['relation'] = 'pma__relation';
$cfg['Servers'][$i]['table_info'] = 'pma__table_info';
$cfg['Servers'][$i]['table_coords'] = 'pma__table_coords';
$cfg['Servers'][$i]['pdf_pages'] = 'pma__pdf_pages';
$cfg['Servers'][$i]['column_info'] = 'pma__column_info';
$cfg['Servers'][$i]['history'] = 'pma__history';
$cfg['Servers'][$i]['table_uiprefs'] = 'pma__table_uiprefs';
$cfg['Servers'][$i]['tracking'] = 'pma__tracking';
$cfg['Servers'][$i]['designer_coords'] = 'pma__designer_coords';
$cfg['Servers'][$i]['userconfig'] = 'pma__userconfig';
$cfg['Servers'][$i]['recent'] = 'pma__recent';
Observe o sublinhado duplo __
.