Quando você executa um comando com sudo , ele não altera o valor da variável de ambiente HOME :
firas@wakaba ~ % sudo env | grep HOME
HOME=/home/firas
Isso significa que, se o programa que você está executando precisar acessar os arquivos no diretório pessoal do usuário, ele usará seu diretório inicial. No entanto, ele ainda estará sendo executado com privilégios de root, portanto, todos os arquivos que ele criar serão de propriedade de root. Isso é um problema, porque se você executar o mesmo programa com seus privilégios de usuário, os arquivos criados como root podem não estar acessíveis para você. Felizmente, a correção é simples: porque o seu diretório pessoal e tudo o que ele contém normalmente pertence a você, em circunstâncias normais, você só precisa fazer
sudo chown -R username /home/username
para restaurar a permissão correta. Se, por algum motivo, você precisar ter arquivos de propriedade de outros usuários em seu diretório pessoal, a responsabilidade cabe a você saber quais são e restaurar as propriedades de acordo.
A propósito, se você quiser executar um programa com sudo e alterar a variável de ambiente HOME para o diretório inicial do usuário de destino, use apenas o -H flag: sudo -H program . Para torná-lo permanente, defina o sinal always_set_home em seu arquivo sudoers.