Graças ao MayeulC, encontrei uma alternativa:
iniciando em um terminal, meu comando no meu .desktop é agora:
gnome-terminal -e /home/myrepository/myscript.sh
Desta forma, posso monitorar a execução de todos os códigos e resolver o problema de maneira mais fácil!
Descobri que meu script python não era executado pela mesma versão do python quando eu o estava iniciando pelo .desktop ou pelo terminal (mas ainda não sei por que).
Eu vou trabalhar nisso! Obrigado
Dd