Bem Abra o terminal e instale exo-utils
sudo apt-get install exo-utils
Agora, execute o seguinte comando no terminal
exo-preferred-applications
Na aba Utilies, você terá o Gerenciador de arquivos para escolher.
Se você estiver usando distros do Xubuntu, vá para o Gerenciador de configurações > Aplicativos preferidos > Utilitários , lá você tem a opção suspensa para selecionar os gerenciadores de arquivos que você já instalou.
se acima as coisas falharem, tente executar o seguinte comando em um novo terminal.
xdg-mime default Krusader.desktop inode/directory application/x-gnome-saved-search