Primeiramente, neste estágio, você pode querer usar o GIMP 2.9 apenas para fins de teste. É uma versão de pré-lançamento.
O motivo pelo qual você está recebendo esta mensagem é mais provável que você esteja usando recursos do formato XCF que não são compatíveis com versões mais antigas do GIMP, como profundidades de bits mais altas. É difícil dizer exatamente qual característica, em particular, é em qualquer caso dado.
É possível que, uma vez liberado o GIMP 2.9, o comportamento possa mudar, como a obtenção de melhores avisos e mensagens quando você estiver salvando algo que possa ser incompatível com versões mais antigas.