Uma solução possível é abrir o arquivo pdf com o PDFedit e salvar o arquivo como arquivo de texto.
Se você quiser instalar o PDFedit, basta digitar um terminal.
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install pdfedit
Você pode então importar o arquivo de texto para o OpenOffice.org (ou LibreOffice) Calc etc e salvar a planilha resultante no formato desejado (por exemplo, ods, xls etc).
Para importar o arquivo de texto para o Calc, abra a caixa de diálogo Importação de texto por meio do menu Inserir, Folha do arquivo. Em seguida, escolha as opções "Largura fixa" ou "Separado por" conforme apropriado para seus dados. Observe que, se você usar a opção "Largura fixa", poderá definir a largura de cada coluna por meio da visualização "Campos" da caixa.