Você pode ter percebido isso até agora, mas eu estava tendo os mesmos problemas e imaginei que eu iria postar para qualquer pessoa que possa vir procurando.
Desmarcar a opção "Executar no console externo" funcionou para mim, mas como a janela Saída do aplicativo parece estar oculta automaticamente por padrão, tive que abri-la clicando ou passando o mouse sobre "▶ Saída do aplicativo" no canto inferior direito canto. Depois de aberto, a execução do projeto novamente, por exemplo com F5, fechará a caixa de saída. Para mantê-lo aberto, clique no pequeno botão "Dock" ao lado do botão fechar.
Veja a imagem abaixo para uma captura de tela.