Você tentou salvar como .odt no Ubuntu e abrir esse .odt no Windows?
O formato docx parece atrapalhar quando editado em plataformas diferentes (bem, mesmo na mesma plataforma, na verdade), e até mesmo o MS Office às vezes luta com o formato de seus próprios documentos!
A menos que o docx seja obrigatório, tente manter os formatos de documento abertos.
Edit: se você precisar de um formato reconhecido pelo MS, tente salvar como o formato .doc mais antigo, ele deve fazer o truque, contanto que você não use recursos sofisticados ...