Verifique se você configurou o dispositivo de captura (em Preferências de som > Entrada) para o fone de ouvido usb desejado. Você também pode: 1) proibir o Skype de gerenciar seus níveis de microfone; 2) ative o microfone e aumente o nível para um amplificado (também em Preferências de som > Entrada). Note também que, se você estiver usando o 10.10, precisará das atualizações mais recentes instaladas para o linux, alsa-lib e pulseaudio.