Parece que você está usando uma sintaxe desatualizada para adicionar um repositório com o subcomando configure
. Tente isso:
$ libertine-container-manager configure --archive add \
--archive-name ppa:seafile/seafile-client --id myContainerID
Esta é a sintaxe correta em python3-libertine > = 1.3.1 e possivelmente antes disso. Em caso de dúvida, você sempre pode verificar libertine-container-manager configure --help
para mais informações.