Nenhuma instalação de origem usa as bibliotecas do sistema, independentemente de as bibliotecas estarem instaladas por pacote ou origem.
É o gerenciador de pacotes que não sabe sobre bibliotecas instaladas a partir do código-fonte ou de outro gerenciador de pacotes, portanto, o gerenciador de pacotes achará que as dependências não estão lá, mesmo que estejam.
No Debian você pode usar o checkinstall ao invés do make install para criar pacotes rudimentares do debian de suas instalações de código-fonte.
Você também pode usar equivs para criar pacotes vazios para fornecer dependências para outros pacotes.