Imprime os PIDs de todos os processos pertencentes a um usuário com UID > 999:
ps -A -o uid,pid | awk '{if($1>999)print $2}'
Observe que isso inclui coisas como cronjobs, que podem ou não o que você deseja.
Se você quiser ver os usuários em vez dos PIDs:
ps -A --no-headers -o uid,user | awk '{if($1>999)print $2}'| sort | uniq