O que eu faria é o seguinte:
Supondo que você tenha ambas as partições montadas com os nomes part1 e part2, você será o único a usá-las e você quer total controle sobre elas, eu faria isso:
sudo chmod 777 /media/part1
- Isso daria a você todas as permissões (Read, Write, Execute) dentro da partição part1.
sudo chmod 777 /media/part2
- Isso daria a você todas as permissões (Read, Write, Execute) dentro da partição part2.
As permissões (neste caso 777) são as seguintes:
7 - Completo (ler, gravar e executar)
6 - leia e escreva
5 - ler e executar o
4 - somente leitura
3 - escrever e executar
2 - escrever apenas
1 - executar apenas
0 - nenhum
O primeiro 7 (começando da esquerda) é para o proprietário, o segundo é para o grupo onde o proprietário reside. Os últimos 7 são para outros grupos. Basicamente assim você pode copiar qualquer coisa que você quiser nas partições e se você precisar tirar o HDD e conectá-lo a outro computador com o Ubuntu você não terá problemas com permissões. Pelo menos no meu caso, isso me poupa tempo, porque eu costumo ter 1 ou 2 discos rígidos que possuem filmes, músicas e coisas semelhantes e eu os movo de PC para PC.
Apenas para adicionar, se você não sabe onde as partições são montadas, você sempre pode abrir o Disk Utility e nas informações sobre o disco rígido ele lhe dirá onde ele está montado. Lembre-se de que você precisa aplicar isso à partição APÓS ter sido montada.