Se o seu disco rígido falhar e você tiver feito backup do mesmo disco rígido, perderá todos os seus dados. Fazer o backup em um dispositivo externo permite que esse tipo de falha ocorra sem que você perca seus dados.
O Deja-dup usa compactação, mas não tenho certeza se a quantidade de redução é previsível. Depende do que está sendo compactado.