Sim, você pode formatar ou excluir as partições vazias da maneira que quiser. O Windows não se importa porque nada de importante para o Windows está lá (eles estão vazios depois de tudo).
O cache integrado às suas unidades híbridas (estado sólido e disco rígido) é (1) inativo ou (2) transparente, o que significa que o Ubuntu (1) não tocará a menos que seja dito o contrário ou (2) não esteja ciente e o controlador de disco apenas gerenciará o cache sem conhecimento ou importância para o sistema operacional da hora.