Eu não tive problemas com isso em 15.04 ou 15.10, então eu suspeito que isso é novo para 16.04.
Eu tenho usado frequentemente o Instalador USB Universal para criar Live USBs com um arquivo casper-rw para persistência. Uma vez que duas delas são feitas, eu inicializo uma, plugue a outra, e redimensiono a segunda para abrir espaço para uma partição casper-rw maior que 4gb. Em seguida, excluo o arquivo casper-rw na partição de instalação primária. Isso permite que o Live USB tenha armazenamento persistente maior que 4 gb.
Eu realizei isso com sucesso várias vezes com o Ubuntu 15.04 e 15.10 .
Dito isto, quando faço isso com o 16.04, ele interrompe a instalação do Live. Não será mais inicializado. O processo mudou?
Eu não consegui usar partições persistentes, (casper-rw ou home-rw), com instalações SDC ou Unetbootin de 64 bits após o Ubuntu 12.04.
As partições persistentes funcionam se eu fizer a unidade usando uma instalação grub2 / iso usando MultiBootUSB. Eu entendo mkusb também funciona.
Com o 16.04, eu nem consigo que o disco apareça no gparted para fazer a partição casper-rw.