O Zotero é gratuito, de código aberto e possui excelente documentação. O Mendeley também tem um cliente de desktop Linux, então você pode usá-lo se preferir.
No Windows há endnote, mendeley, ... No ubuntu, qual é a melhor opção para organizar referências?
Obs .: estou escrevendo minha tese em látex.
O Zotero é gratuito, de código aberto e possui excelente documentação. O Mendeley também tem um cliente de desktop Linux, então você pode usá-lo se preferir.