Sim, é seguro. A maneira como o Ubuntu é projetado, o padrão é apenas montar automaticamente a partição do Ubuntu. Se você está tentando acessar outras partições na mesma unidade ou em outra unidade, elas não estão configuradas para serem montadas na inicialização. Isso é normal, e montá-los manualmente não representa nenhum risco para os dados, nem o desligamento do sistema os desmonta de maneira insegura.
Dito isto, existem maneiras de fazer com que ele monte automaticamente outras unidades na inicialização, para que você possa visualizá-las a partir do momento em que fizer o logon. Várias dessas maneiras são examinadas no link Dito isso, a menos que seja um grande inconveniente para você, não há motivo para definir -los para montar automaticamente e se você não tiver certeza de si mesmo (como se você é novo no Ubtuntu) você não pode arriscar a cometer erros que poderiam ser irreversíveis.