Eu testei ntpdate , que é o comando que está falhando usando o modo de consulta. Funciona bem. A falha parece estar relacionada aos valores como #S2Platform-Server1 , que exigem resolução de DNS. Parece que você comentou os servidores em /etc/ntp.conf ou /etc/default/ntpdate incorretamente. O comentário precisa estar no começo da linha.
O problema de resolução de nomes provavelmente se deve aos nomes inválidos, e não à falta de DNS. Você pode desabilitar a resolução de DNS em /etc/nsswitch.conf , e isso não será tentado pelo resolvedor de chamadas.