Opa, parece que a partição do Windows foi realmente substituída. Verifique o layout da partição nos discos gparted ou gnome antes de tirar conclusões finais.
E, como regra geral, NUNCA confie em QUALQUER instalador com seus dados. Faça o layout da partição usando o programa de particionamento do live disk (o gparted funciona perfeitamente para mim e vem com a maioria das distribuições do Ubuntu) e instale o (s) sistema (s) operacional (is) em suas partições designadas.