Eu tive o mesmo problema com o Evince (o visualizador de PDF para sistemas GNOME e Unity) e alguns outros aplicativos. O problema pode ser resolvido informando explicitamente seu tamanho de exibição (físico) para o servidor X.
Crie o arquivo /etc/X11/xorg.conf.d/90-monitor.conf
e adicione o seguinte conteúdo:
Section "Monitor"
Identifier "<default monitor>"
DisplaySize 294 165 # In millimeters
EndSection
Você precisa alterar os valores numéricos e talvez também precise ajustar o identificador se tiver mais de um monitor.