Parece que você tem um problema no driver da GPU. Tente usar os drivers proprietários (parece que você tentou e ajudou - mais ou menos).
Você disse que tinha um tempo de inicialização de 54 segundos. Isso é incrivelmente rápido. Mesmo o meu melhor sistema Ubuntu com um SSD teve um tempo de inicialização de 45 segundos no seu melhor. Seja feliz, é um bom momento.
Fazendo mais pesquisas, no entanto, isso parece ser um (pelo menos parcialmente) bug documentado com uma versão mais antiga do Ubuntu. Eu sugiro que você envie um relatório de bug.