Use o dpkg para descobrir quais arquivos podem estar relacionados a este arquivo:
dpkg -S "/etc/ppp"
Isso resultará:
resolvconf, pppconfig, pppoeconf, pptp-linux, ppp: /etc/ppp
Agora, desde que você conhece os pacotes que usam esse caminho de arquivo. Você precisa reinstalá-los no repositório:
sudo apt-get install --reinstall resolvconf pptp-linux pppoeconf pppconfig ppp
Espero que você corrija seu problema.