A maneira mais fácil de excluir um banco de dados de um script é:
echo "drop database dbname" | mysql -u username -ppassword
Isso iniciará o cliente da linha de comando mysql e executará a instrução SQL que foi canalizada para ele pelo comando echo . No seu script, você pode excluir o banco de dados assim que tiver feito o backup:
echo "drop database $db" | mysql -u username -ppassword
(dentro do loop do / done ), ou aguarde até o final do script, quando todo o backup for concluído e, em seguida, faça outro loop pelos bancos de dados e elimine todos eles:
for db in databases; do
echo "drop database $db" | mysql -u username -ppassword
done;