Você pode apenas iniciar este a partir do terminal digitando:
java -jar pmTransALLOS.jar
Você pode criar um atalho em nano ~/Desktop/pmTrans.desktop
e adicionar as seguintes linhas a ele:
[Desktop Entry]
Name=pmTrans
Comment=pmTrans
Exec=java -jar /path-to/pmTransALLOS.jar
Icon=
Terminal=false
Type=Application
Categories=Reader;