Ok, aqui está um truque simples que você terá interesse:
Você procurará em um comando chamado:
x-terminal-emulator -e /your/script/location
Mas o problema é que, se o programa não parar, ele não será exibido e o terminal será fechado imediatamente após a execução do script, para que você possa pausar o programa sempre que desejar.
#!/bin/bash
# init
function pause(){
read -p "$*"
}
# Your main script
# call it
pause 'Press [Enter] key to continue...'
# rest of the script if any
# ...
E agora você já sabe como adicioná-lo no aplicativo de inicialização, você pode adicionar o seguinte ao comando: x-terminal-emulator -e /your/script/location
e pronto.
Verifique se você tem chmod +x script.sh
no seu programa.