Por fim, consegui configurar o VirtualBox 5.0 em funcionamento com todas as minhas máquinas virtuais. Desinstalei o virtualbox 4.0 usando apt-get remove
em vez de apt-get purge
e apt-get install virtualbox-5.0
manteve todas as máquinas virtuais registradas. O único problema era que as conexões RPD não estavam disponíveis em minha instalação sem cabeça porque eu não atualizei o pacote de extensão do VirtualBox. Eu notei o problema depois de verificar os pacotes de extensão atuais fazendo vboxmanage list extpacks
e substituindo o antigo pacote de extensão pelo mais recente. Para finalizar, caso possa ajudar outras pessoas, estas foram as etapas que segui:
sudo apt-get remove virtualbox*
sudo apt-get install virtualbox-5.0
sudo vboxmanage list extpacks
sudo vboxmanage extpack install --replace 'Oracle VM VirtualBox Extension Pack' <new Oracle VM VirtualBox Extension Pack file>