Sim, você pode excluir a partição. O sinalizador de inicialização só tem significado para os carregadores de inicialização da Microsoft. O GRUB está instalado no MBR e continuará a funcionar enquanto puder encontrar sua partição do Ubuntu.
Gparted imagem das partições do meu HDD
A primeira partição tem o sinalizador de inicialização e possui o FreeDOS dentro. A segunda partição parece vazia, pois não encontro nada lá, mas estou curioso para saber o que a lba representa. A partição estendida pertence ao ubuntu 14.04
O que acontecerá se eu excluir a partição 1 imediatamente do gparted? Ainda serei capaz de inicializar no Ubuntu? Como é a única partição sinalizada por inicialização, presumo que o grub esteja instalado lá e também seja apagado.
Sim, você pode excluir a partição. O sinalizador de inicialização só tem significado para os carregadores de inicialização da Microsoft. O GRUB está instalado no MBR e continuará a funcionar enquanto puder encontrar sua partição do Ubuntu.