Usando o VLC:
No menu Mídia, selecione "converter / salvar"
Em "seleção de arquivo", clique em "adicionar", selecione seu arquivo de som.
Clique em "mostrar mais opções", clique em "reproduzir outra mídia sincronicamente", selecione seu vídeo como "mídia extra".
Clique no botão "converter / salvar".
Selecione "Youtube video SD" na lista de perfis, dê um nome como "test.flv" em "file destination"
clic "start",
Após o processo de transcodificação, test.flv está no seu diretório pessoal.