xUbuntu, lUbuntu e qualquer outro lançamento oficial baseado no Ubuntu compartilham o mesmo conjunto de repositórios. É só que todos eles usam uma área de trabalho diferente e usam aplicativos padrão diferentes.
Se você precisar executar qualquer um desses sistemas, provavelmente terá um sistema que não é tão poderoso quanto necessário para rodar o Ubuntu. Mas isso não impede que você escolha o Eclipse, o Netbeans, o Tomcat para instalar se você não gostar dos aplicativos padrão ou preferidos para esse sistema. Eles vão trabalhar. Alguns instalam muitas dependências que você não teria que instalar de outra forma, mas é possível. Os aplicativos feitos para o seu sistema devem ser preferidos em relação aos outros aplicativos, desde que sejam otimizados para esse sistema. Kate (editor) funciona melhor no kUbuntu, funciona no Ubuntu, mas você deveria usar o gedit.
O único que eu evitaria seria o Xampp. Nossa pilha de lâmpadas nativas (instalada com sudo apt-get install lamp-server^ ) é muito superior, melhor documentada e funciona imediatamente.