Não há nenhuma ferramenta que "converta" um sistema de arquivos NTFS em EXT4. Mesmo se existisse, seria extremamente perigoso. O tratamento de dados é um assunto sério, eu acho que você não quer jogar roleta russa com seus arquivos importantes.
O procedimento descrito em essa resposta pode ser replicado manualmente, mas ainda é uma solução alternativa e só funcionará se você tem algum espaço livre na unidade. "Alguns" significa um pouco mais do que o tamanho do maior arquivo que você tem.
No entanto, a resposta é bem clara:
% bl0ck_qu0te%Você foi avisado.
Em relação ao Parted Magic:
% bl0ck_qu0te%Claro, é uma distro do Linux. Tem excelente suporte para drives USB e muitos tipos de sistemas de arquivos.