Sua solução é "wakeonlan".
A maioria das placas-mãe modernas suportam isso. Na verdade, não encontrei um que ainda não seja para um processador x86.
Ubuntu 14.04
sudo apt-get install wakeonlan
Ubuntu 16.04
sudo apt install wakeonlan
Para despertar o seu PC, encontre o endereço MAC da sua NIC e emita o comando.
wakeonlan <MAC_ADDRESS>
Isso é fácil!