Infelizmente, esse comportamento foi alterado na versão 1.9 e parece que não será corrigido. Meu pedido acabou de ser deixado sem resposta: link
Isso significa que: o diretório para todos os novos processos será o diretório do servidor atual. isto é, se você iniciar o tmux a partir do seu diretório home, todos os novos shells também serão iniciados.
Atualmente, a solução é alterar todas as suas combinações de teclas para new-window
e split-pane
e adicionar -c #{pane_current_path}
para usar explicitamente o CWD do painel atual como o diretório inicial para o novo.
Outra solução pode ser isso. Há um mod de tmux (eu sou o autor) para adicionar uma linguagem de script apropriada ao tmux para permitir o uso de aliases, ligar múltiplos comandos em 'mode', variáveis, loops, etc ... E também, ele traz de volta o comportamento: novas janelas e painéis são abertos no diretório atual.
As fontes estão aqui: link