Como o NTFS não armazena ou usa permissões de arquivo "Linux", o kernel as emula. Você define todas as permissões de partições de montagem no momento da montagem. Você tem duas opções.
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Remontar a partição NTFS, definindo as permissões para algo menos restritivo. Esta é a opção menos segura.
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Mova o executável para a sua partição Linux, depois chmod it e execute-o. Há mais etapas aqui, mas essa é a opção mais segura.
2 é mais seguro que 1 porque você só altera as permissões de um arquivo, não da partição inteira.