Você está fazendo muitas perguntas em uma aqui. Vou tentar abordar todos eles:
O que você pode fazer com o CLI?
Em qualquer sistema similar ao UNIX, incluindo o Ubuntu e outras distribuições Linux, a linha de comando é muito mais capaz do que a GUI. A GUI é simplesmente uma camada bonita no topo. Assim, você pode ter certeza de que tudo o que for possível com a GUI será possível com um script de linha de comando (embora possa ser complexo fazer).
Abrindo um navegador com um script
Você pode obter um script para abrir janelas do navegador (por exemplo, com xdg-open ).
xdg-open https://google.com
Pasta protegida por senha
Bloquear uma pasta para que ela só possa ser aberta com uma senha específica é mais complicado. A melhor maneira de fazer isso seria criptografar uma pasta, usando algo como cryptkeeper .
Acesso por linha de comando vs GUI
Você também está perguntando sobre a diferença entre a linha de comando e a interface gráfica, e se é possível fazer algo que só possa ser alcançado através da linha de comando.
Isso não é realmente possível, ou pelo menos provavelmente não é o caminho certo para resolver o problema. A linha de comando e a interface gráfica são simplesmente dois portais no mesmo sistema. Em teoria você deve ser capaz de fazer praticamente qualquer coisa através de qualquer interface. A única maneira de tornar algo inatingível através da GUI é através da ofuscação, e isso não é o ideal.
Permissões de acesso
Em vez disso, você deve controlar o acesso e a visibilidade de arquivos, pastas e aplicativos com contas de usuário e permissões de arquivo . Isso também deve cuidar da sua preocupação final sobre as pessoas poderem editar seus scripts.