Minha preferência pessoal é filezilla .
Você pode instalá-lo nos repositórios digitando sudo apt-get install filezilla .
É bastante estável e com muitos recursos.

Comoalternativa,sevocêdesejafazerodownloadusandoumclienteFTPdoshell(semGUI),podetentarusarwgetouncftp.
Algunsexemplos:
ncftpget–R–v–u"username" <ftp_site> <local_dir> <remote_dir> , (onde "R" = recursivo, "v" = detalhado )
wget -r ftp://username:password@<ftp_site>/
wget fornece muitas opções, eu usei-o muitas vezes e eu acho que você deveria realmente experimentar (leia a man page, vale a pena)