Encontrou uma versão melhor documentada do código labelme com melhor documentação. Esta é a lista completa de opções necessárias para que o servidor apache seja executado corretamente (modifique /etc/apache2/apache2.conf
)
<Directory "/var/www/LabelMeAnnotationTool">
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews Includes ExecCGI
AddHandler cgi-script .cgi
AllowOverride all
Require all granted
AddType text/html .shtml
AddOutputFilter INCLUDES .shtml
DirectoryIndex index.shtml
</Directory>