Bem, olhei em volta e encontrei uma resposta
Ainda é possível criar uma chave md5 com este comando
ssh-keygen -lf ssh_host_rsa_key.pub -E md5
Por que existe um formato diferente ao criar uma chave rsa pública no Ubuntu 16.04 comparado ao Ubuntu 14.04?
Ubuntu 14.04
test@ubuntu:/etc/ssh$ ssh-keygen -lf ssh_host_rsa_key.pub
2048 ad:e2:ec:56:c0:df:26:36:8a:a4:1e:64:8f:c6:84:4c root@ubuntu (RSA)
Ubuntu 16.04
test@test-VirtualBox:/etc/ssh$ ssh-keygen -lf ssh_host_rsa_key.pub
2048 SHA256:YWPFBWJYHxxy9FatUnzzsFiZ+QkSpWAKjAy3pZ2GL+Y root@test-VirtualBox (RSA)
É possível obter o mesmo formato em 16.04 como em 14.04?