Sim, você pode usar o Devilspie para fazer isso. Há uma interface gráfica para este aplicativo também. Siga estas etapas:
1) Instalação: sudo apt-get install devilspie gdevilspie
2) Abrir gdevilspie.
3) Inicie o daemon:
4) Selecione a janela correspondente:
5) Escolha o espaço de trabalho:
Aprecie; -)