As diferenças serão extremamente sutis.
O Ubuntu, antes da versão 11.04, usou o shell do GNOME. Mas manteve-se vivo após o lançamento do Unity com o Ubuntu GNOME.
O shell GNOME usado pelo Ubuntu é basicamente o mesmo usado pelo Fedora. As coisas que podem mudar são a versão do shell e o tema padrão usado nela.
O projeto GNOME é uma das iniciativas mais antigas para proporcionar uma experiência de desktop completa. Houve um tempo em que um usuário do Linux tinha que escolher entre o KDE e o GNOME. Não havia outros DEs relevantes. O Ubuntu ainda usa muitos aplicativos e recursos do GNOME, e o projeto é sólido. Então, provavelmente, não será abandonado (não em um futuro próximo).
O mesmo acontece com o Ubuntu GNOME: assim como você, existem milhares de pessoas que não gostam do Unity ou simplesmente preferem usar outros ambientes de desktop. E enquanto o Ubuntu e o GNOME continuarem sendo populares, o Ubuntu GNOME irá prosperar. A propósito, é mantido por uma comunidade separada; A Canonical não a desenvolve, mas dá apoio oficial ao projeto.