O Nautilus, como parte dos aplicativos de desktop GNOME, está profundamente integrado ao sistema.
Remover a entrada Arquivos do painel de alguma forma não é recomendado (motivo: veja acima).
Altere o plano de fundo da área de trabalho do Ubuntu Unity de dentro das configurações do sistema.
Você pode desativar ou ativar a pesquisa de arquivos com a ferramenta Unity Tweak nos repositórios.
Abra um terminal e execute:
sudo apt-get install unity-tweak-tool
Abra a ferramenta - clique em Pesquisar
Além disso, você pode desativar a gravação de arquivos e uso de aplicativos nas configurações do sistema.