Eu não acho que haja uma maneira muito mais eficiente de encontrar arquivos e executar uma única instância do rsync. Qualquer tentativa de enviar uma lista de arquivos para o rsync resultará em uma estrutura de diretórios mantida.
Uma alternativa (se você puder restringir o padrão de localização) é usar:
rsync -d --delete --include=*.pdf --include=*.ods --exclude=* /home/ms/archive/dir1/**/. /home/ms/newdir2/.
Isso sincronizará todos os arquivos pdf / ods de (sub) diretórios com a pasta / home / ms / newdir2 / sem manter os diretórios em uma única estrutura rsync.
O seu exemplo dado (no caso do nome do documento ou DOCUMENT-NAME) seria resolvido usando:
rsync -d --delete --include=*document-name.pdf --include=*DOCUMENT-NAME.pdf --include=*DOCUMENT-NAME.ods --include=*document-name.ods --include=*DOCUMENT-NAME.pdf --exclude=* /home/ms/archive/dir1/**/. /home/ms/newdir2/.