No bash, o * glob não inclui arquivos ocultos ('dotfiles') por padrão - você pode habilitar isso explicitamente definindo a opção dotglob shell, por exemplo.
shopt -s dotglob
cp -Rdfp $source/* $dest
Você pode cancelar a opção depois de shopt -u dotglob .
Como alternativa, se $dest ainda não existir, muito mais simples
cp -Rdfp $source $dest
(evitando o glob completamente) deve funcionar também.