No bash, o *
glob não inclui arquivos ocultos ('dotfiles') por padrão - você pode habilitar isso explicitamente definindo a opção dotglob
shell, por exemplo.
shopt -s dotglob
cp -Rdfp $source/* $dest
Você pode cancelar a opção depois de shopt -u dotglob
.
Como alternativa, se $dest
ainda não existir, muito mais simples
cp -Rdfp $source $dest
(evitando o glob completamente) deve funcionar também.